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    Un database pubblico di esperimenti di diffrazione macromolecolare

    Ogni punto si forma dall'interferenza costruttiva dei raggi X che passano attraverso un cristallo. I dati possono essere utilizzati per esaminare la struttura del cristallo. Credito:M. Grabowski et al.

    La riproducibilità dei risultati sperimentali pubblicati ha recentemente attirato l'attenzione in molti campi scientifici diversi. La mancanza di disponibilità di dati scientifici primari originali rappresenta un fattore importante che contribuisce a problemi di riproducibilità, però, la comunità della biologia strutturale ha compiuto passi significativi verso la messa a disposizione dei dati sperimentali.

    La cristallografia macromolecolare a raggi X ha aperto la strada nel richiedere la diffusione pubblica delle coordinate atomiche e una ricchezza di dati sperimentali tramite il Protein Data Bank (PDB) e progetti simili, rendendo il campo uno dei più riproducibili nelle scienze biologiche.

    L'IUCr ha commissionato al Diffraction Data Deposition Working Group (DDDWG) nel 2011 di esaminare i vantaggi e la fattibilità dell'archiviazione di immagini di diffrazione grezze in cristallografia. Il rapporto triennale DDDWG 2011-2014 ha formulato diverse raccomandazioni chiave in merito alla conservazione dei dati di diffrazione grezzi. Però, non rimane alcun mandato per la divulgazione al pubblico dei dati di diffrazione originali.

    La risorsa integrata per la riproducibilità nella cristallografia macromolecolare (IRRMC) fa parte del programma Big Data to Knowledge dei National Institutes of Health ed è stata sviluppata per archiviare dati grezzi da esperimenti di diffrazione e, altrettanto importante, per fornire i relativi metadati. Il database [Grabowski et al. (2016). Acta cristallo. D72, 1181-1193, DOI:10.1107/S2059798316014716], contiene al momento della scrittura 3070 esperimenti di diffrazione macromolecolare (5983 set di dati) e i corrispondenti metadati parzialmente curati, rappresentano circa il 3% di tutte le deposizioni nella banca dati proteica. La risorsa è accessibile all'indirizzo http://www.proteindiffraction.org e può essere ricercata utilizzando vari criteri tramite un semplice, interfaccia semplificata. Tutti i dati sono disponibili per l'accesso e il download senza restrizioni. La risorsa serve come prova del concetto e dimostra la fattibilità dell'archiviazione dei dati di diffrazione grezzi e dei metadati associati da studi cristallografici a raggi X di macromolecole biologiche.

    Parlando con un giornalista del progetto, il caposquadra Wladek Minor ha detto:"Ci sono così tante ricerche in corso che non possono essere pubblicate tutte, e spesso i risultati di studi falliti non compaiono in letteratura. Penso che la chiave del successo sia conoscere gli esperimenti falliti, vogliamo sapere perché falliscono".

    L'obiettivo del progetto è espandere l'IRRMC e includere set di dati che non sono riusciti a produrre strutture a raggi X. Ciò potrebbe facilitare gli sforzi collaborativi per migliorare i metodi di determinazione della struttura delle proteine ​​e anche garantire la disponibilità di dati "orfani" lasciati da singoli ricercatori e/o progetti di genomica strutturale estinti.

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