Molti microrganismi acquatici possiedono appendici esterne per la locomozione, per ottenere cibo e per altri scopi. Un mezzo è l'uso di ciglia multiple, corte e simili a capelli. Un altro è il flagello molto più lungo, o - se ce ne sono due o più - flagelli. Ciglia e flagelli funzionano in modi diversi. Per questo motivo, le loro posizioni sono diverse. Le ciglia sono generalmente davanti o intorno all'organismo, mentre le flagelli - le strutture più complicate - si trovano nella parte posteriore.
Cilia Structure

Le ciglia sono strutture a pelo corto. Un ciglio non svolge una funzione utile da solo, ma in quantità serve una varietà di scopi. La struttura di un singolo ciglio include microtubuli per il supporto. Quando i microtubuli scivolano in relazione l'uno con l'altro, le ciglia vengono fatte piegare in una particolare direzione. I microtubuli forniscono anche una matrice di supporto per determinate proteine. Il ciglio individuale è racchiuso in una membrana plasmatica e collegato all'organismo per mezzo di un corpo basale.
Cilia Functions and Locations

Cilia spinge un microrganismo per mezzo di un colpo di tiro più un colpo di recupero, molto come i movimenti di un nuotatore. Come nuotatore ha braccia e gambe tutt'attorno al suo corpo, così le ciglia si trovano tutt'intorno all'esterno di molti microrganismi quando la loro funzione primaria è il trasporto.
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Le cilia vengono talvolta utilizzate per catturare il cibo. Un esempio è il rotifero, le cui due parti della bocca rivestite di ciglia attirano il cibo nello stomaco. I peli compiono questo perché ondeggiano in ordine consecutivo, generando un'aspirazione controllata. Quando l'alimentazione è lo scopo principale, le ciglia si trovano nella parte anteriore dell'organismo.

Gli organismi più grandi presentano anche ciglia nei loro corpi, come nella trachea degli umani per rimuovere lo sporco dai polmoni, e nel tube di Falloppio delle femmine, per trasportare l'ovulo all'utero.
Flagella Structure

Il flagello è una struttura a forma di frusta composta da tre parti principali. Ha una parte motorizzata a ioni, un lungo filamento costituito dalla flagellina della proteina e un uncino, che funge da sorta di giunto universale che unisce il motore al filamento. C'è un corpo basale con anelli che fungono da cuscinetti per la struttura
. Flagelli Funzioni e Località

Il filamento di un flagello ruota in una sorta di moto sinusoidale, che ricordano l'elica di una nave o di un cavatappi. Poiché il flagello spinge invece di tirare, si trova nella parte posteriore del microrganismo. Se ce n'è più di uno, possono fungere da pacchetto. La direzione di rotazione determina il percorso del microrganismo. Flagella serve anche come sensori, in particolare per il rilevamento dell'umidità.