Mentre la presenza di un gene nel codice genetico del DNA rende possibile che un fenotipo possa includere il tratto corrispondente, il tratto stesso potrebbe variare sostanzialmente. Gli organismi che si riproducono sessualmente ricevono un insieme di geni da ciascun genitore. La loro composizione genetica conterrà due insiemi di geni leggermente diversi e un gene in ogni insieme potrebbe essere dominante o recessivo.

Perché i due geni per un tratto sono sempre leggermente diversi, avendo due geni dominanti o un dominio dominante e un gene recessivo significa che il possibile tratto dell'organismo è quello prodotto dalla variazione dominante del gene. Un organismo con due copie di geni recessivi mostra il tratto prodotto dalla variante del gene recessivo
. Le due varianti geniche producono proteine leggermente diverse e possono dare origine a diversi fenotipi.

Ad esempio, gli esseri umani hanno diversi geni che influenzano il colore degli occhi. Le varianti geniche che risultano nel colore degli occhi scuri sono dominanti e le varianti geniche del colore degli occhi chiari sono recessive. Una persona con due insiemi dominanti di colore degli occhi scuri dominanti o con uno scuro dominante e un set di colori degli occhi chiari recessivi avrà gli occhi scuri. Le persone con due set genici di colore degli occhi chiari avranno gli occhi chiari. Lo stesso gene con due diverse varianti produce due fenotipi.
Epigenetics aiuta a determinare quale dei possibili fenotipi vengono visualizzati

Il genotipo dell'organismo determina i possibili tratti del fenotipo, ma i geni corrispondenti devono essere attivi affinché il tratto appaia. L'epigenetica
studia l'espressione genica nelle cellule e molti geni non sono attivi. Diversi fattori come i nutrienti disponibili, l'età dell'organismo e i segnali inviati da altre cellule determinano se una cellula esprime o meno un gene.

Per esprimere un gene, una cellula deve prima fare una copia del gene dall'originale Codice DNA nel nucleo cellulare. Il codice genetico viene copiato nell'RNA messaggero, che esce dal nucleo e trova una cellula ribosoma
per sintetizzare la corrispondente proteina
dalla sequenza codificata. La proteina conferisce alla cellula la caratteristica, la caratteristica o la capacità che porta al tratto fenotipo nell'organismo. La cellula può bloccare o regolare questo processo per produrre più, meno o nessuna proteina.

Il processo di espressione genica significa che un fenotipo come il colore dei capelli può cambiare durante la vita di un organismo anche se il codice genetico rimane lo stesso. Il set genico originale per un colore specifico di capelli rimane al suo posto, ma alcuni dei geni nel set sono espressi più o meno fortemente mentre la cellula regola l'espressione di un gene su o giù. Per quanto riguarda il colore dei capelli, il gene in questione può influenzare direttamente il colore dei capelli scuri, oppure può produrre un ormone o un enzima che influenza il colore dei capelli.
Fattori ambientali influenzano i fenotipi direttamente o attraverso l'espressione genica

L'ambiente può influire sull'aspetto e sul comportamento degli organismi e modificarne il fenotipo. Ad esempio, alcuni animali da pelliccia come i gatti siamesi hanno la pelle sensibile alla temperatura
. La pelle più fredda sviluppa una pelliccia di colore scuro mentre la pelle più calda produce una pelliccia chiara. Quando la temperatura del loro ambiente cambia, anche il loro colore e il fenotipo della pelliccia possono cambiare.

Oltre a modificare direttamente i fenotipi, i fattori ambientali possono influenzare i tratti influenzando l'espressione genica. La disponibilità di nutrienti e altre materie prime correlate alle cellule può ulteriormente o prevenire l'espressione di determinati geni. Fare copie di geni e sintetizzare proteine richiede energia, che le cellule derivano dal cibo digerito dall'organismo. Se non ci sono abbastanza nutrienti, l'espressione genica può rallentare e i tratti possono diventare meno pronunciati.
Fenotipi e genotipi influenzano entrambi lo sviluppo dell'organismo

Mentre il genotipo è il modello per l'organismo, il fenotipo riflette come la codifica è tradotta in realtà. A seconda dei fattori ambientali e dell'esperienza di vita dell'organismo, alcune parti del codice genetico potrebbero non essere necessarie e altre parti potrebbero essere espresse più o meno fortemente. Il fenotipo descrive ciò che sta realmente accadendo con l'organismo.

Ad esempio, un individuo può avere geni che predispongono l'organismo a sviluppare un tipo specifico di malattia. Affinché la malattia si sviluppi, devono essere presenti ulteriori fattori causati da influenze ambientali. L'individuo deve impegnarsi in comportamenti dannosi o essere esposto inavvertitamente a fattori dannosi.

Il fenotipo per una persona sensibile a una malattia può includere obesità o ipertensione. I fattori comportamentali possono includere il fumo di sigaretta o il consumo eccessivo di alcol. Per scatenare la malattia, l'individuo potrebbe dover essere esposto a sostanze chimiche tossiche o quantità di radiazioni normalmente innocue. In ogni caso, è presente la disposizione genetica, ma se l'individuo non mangia, beve o fuma troppo, la malattia non sarà probabilmente innescata.

Quando le variazioni nei fenotipi influenzano selezione naturale
, il fenotipo di successo può influenzare la distribuzione del genotipo per l'organismo. Ad esempio, se gli organismi con un gene recessivo sono meglio adattati all'ambiente rispetto a quelli con un gene dominante, gli organismi con il gene recessivo diventeranno più comuni. Avranno discendenti con due geni recessivi e la popolazione sarà costituita principalmente da genotipi con i due geni recessivi. In questo modo, i fenotipi possono rispondere a fattori ambientali e influenzare la distribuzione del genotipo di un gruppo di organismi.