I legami idrogeno possono formarsi solo quando l'atomo è coinvolto in un legame covalente polare, dove c'è una differenza significativa nell'elettronegatività tra gli atomi legati. Questa differenza di elettronegatività crea una carica parziale positiva sull'atomo di idrogeno e una carica parziale negativa sull'atomo più elettronegativo, consentendo la formazione di legami idrogeno.