L'RNA Polimerasi II (RNA Pol II) è l'enzima che aggiunge nucleotidi a una nuova catena di DNA prodotta durante la trascrizione. Viene reclutato nel sito di inizio della trascrizione di un gene da un cluster di fattori di trascrizione che lega la scatola TATA, che è una sequenza di nucleotidi vicino alla linea di partenza del gene. Questi fattori di trascrizione sono chiamati la famiglia TFII (per il fattore di trascrizione per la polimerasi II) delle proteine. Questi fattori di trascrizione aiutano RNA Polymerase II a iniziare a viaggiare lungo il DNA slegato. Mentre si muove, collega i nucleotidi in una nuova catena facendo combaciare i nucleotidi fluttuanti liberi con le corrispondenti coppie di basi sul filamento di DNA del modello.
Trascrizione procariota
L'RNA batterica Polimerasi II è un complesso proteico multi-subunità. Invece di essere reclutato nel sito di inizio della trascrizione dalle proteine della famiglia TFII - come accade con la versione eucariotica - l'RNA Pol II batterico ha una subunità chiamata fattore sigma. Il fattore sigma porta l'intero complesso RNA Pol II alla linea di partenza del gene. Il fattore sigma aiuta a aprire la doppia elica del DNA, permettendo al complesso batterico di RNA Pol II di scorrere lungo un filamento di DNA e iniziare ad aggiungere nuovi nucleotidi.
Replicazione del DNA
La replicazione del DNA è generalmente simile tra eucarioti e procarioti. La replica è diversa dalla trascrizione in quanto entrambi i filamenti di DNA vengono copiati contemporaneamente - entrambi i filamenti di DNA servono da modelli. Nella replicazione del DNA, un filamento di nuovo DNA viene prodotto come una catena continua (chiamata il filamento principale), mentre l'altro filamento di nuovo DNA viene prodotto in brevi pezzi discontinui (chiamato il filo in ritardo). DNA Polymerase III è l'enzima che aggiunge nucleotidi per formare il filo conduttore continuo. Un'altra polimerasi, DNA polimerasi I, aggiunge nucleotidi per formare i frammenti discontinui (detti frammenti di Okazaki) sul filamento in ritardo.
Più di una polimerasi
Ci sono cinque DNA polimerasi nei batteri e 15 negli umani. Generalmente appartengono a tre classi diverse: A, B e X. Il DNA Pol III, che costituisce il filo conduttore durante la replicazione del DNA, è un tipo di classe A e produce filamenti molto lunghi (30.000 nucleotidi) prima di cadere dal DNA. Il DNA Pol I, che fa i brevi frammenti di Okazaki discontinui sul filo ritardato, appartiene alla classe B - produce frammenti lunghi circa 600 nucleotidi. Infine, la classe X contiene polimerasi che sono coinvolte nella riparazione del DNA danneggiato. Aggiungono anche nucleotidi, ma sotto forma di catene corte.
