Una serie di catene laterali idrofobiche si riunirà insieme come una proteina si piega in una soluzione acquosa e sarà stabilizzata da il Effetto idrofobico .

Ecco una rottura:

* Effetto idrofobico: Le molecole d'acqua sono polari e formano forti legami idrogeno tra loro. Le molecole non polari (come le catene laterali idrofobiche) interrompono questi legami idrogeno e sono quindi sfavorevoli in un ambiente acquoso. Per ridurre al minimo questa interruzione, le catene laterali idrofobiche si raggruppano insieme all'interno della proteina, lontano dall'acqua.

* Stabilizzazione: Questo clustering non è guidato da un'attrazione diretta tra catene laterali idrofobiche. Invece, è una conseguenza dell'aumento dell'entropia (disturbo) delle molecole d'acqua circostanti quando i gruppi idrofobici sono sepolti all'interno della proteina. Questo aumento dell'entropia guida il processo di piegatura e stabilizza la struttura proteica piegata.

In sintesi, le catene laterali idrofobiche in una proteina sono spinte a riunirsi in un ambiente acquoso per ridurre al minimo l'interruzione delle molecole d'acqua e aumentare l'entropia complessiva del sistema. Questa è una grande forza trainante nel ripiegamento delle proteine.