Il numero di protoni in un atomo definisce il suo numero atomico. Il carbonio, per definizione, ha un numero atomico di 6. Pertanto, un atomo neutro di carbonio-13 avrà 6 protoni .

Il "13" in ¹³c si riferisce alla massa atomica, che è il numero totale di protoni e neutroni nel nucleo. Questo ci dice che ¹³c ha 7 neutroni, ma il numero di protoni rimane costante per tutti gli isotopi di carbonio.