Pochissimi batteri producono endospore. Solo alcune di quelle specie nel phylum Firmicute producono endospores, che sono strutture non riproduttive contenenti DNA e una parte del citoplasma. Le endospore non sono vere spore poiché non sono prole del batterio. Le endospore si formano quando i batteri sono soggetti a condizioni ambientali estreme o avverse. Possono sopravvivere per lunghi periodi anche quando sono affamati di cibo e se esposti a sostanze chimiche e temperature che normalmente ucciderebbero i batteri.
Batteri Bacillus

I batteri del genere Bacillus sono i più comunemente studiati di tutti gli endospori- produzione di batteri. I batteri Bacillus sono diversi e prosperano in molti ambienti diversi. Le endospore di questo batterio sono altamente tossiche per molti organismi, incluso l'uomo. Il patogeno Bacillus anthracis è una tossina ben nota che è stata utilizzata da scienziati e terroristi. Tuttavia, ci sono molte altre specie di Bacillo.
Batteri del Clostridium

Come altre specie di batteri che producono endospore, i batteri del Clostridium sono gram-positivi, indicando che hanno caratteristiche simili come la struttura della parete cellulare. I batteri Gram-positivi sono sensibili agli stessi o agli antibiotici strettamente correlati. I batteri del genere Clostridium sono responsabili di una vasta gamma di malattie umane che vanno dall'intossicazione alimentare lieve al botulismo, nonché alla gangrena tetanica e gassosa.
Batteri desulfotomaculum

Simile ad altri batteri che producono endospore, batteri in il genere Desulfotomaculum è anche responsabile del deterioramento e della malattia del cibo. I batteri desulfotomaculum possono causare il deterioramento degli alimenti scarsamente conservati. Dove sono in abbondanza, producono un odore sgradevole simile allo zolfo.