Uno dei principali candidati per l’origine delle magnetar riguarda la presenza di un campo magnetico molto forte in una stella di neutroni in rapida rotazione. La formazione della magnetar e i campi magnetici sono stati tradizionalmente attribuiti agli effetti della rotazione differenziale nella stella di neutroni appena nata. Tuttavia, recenti simulazioni magnetoidrodinamiche 3D di stelle di neutroni a rotazione differenziale hanno generalmente portato alla formazione di un dipolo magnetico, in contraddizione con la geometria del campo osservata delle magnetar. Questi risultati indicano la necessità di rivisitare i meccanismi standard di generazione del campo magnetico in queste sorgenti e hanno portato alla considerazione di diversi scenari per la formazione delle magnetar.

È necessario un campo magnetico seme molto forte (dell'ordine di \( 10^{15} \) G) affinché il meccanismo di amplificazione del campo magnetico mediante rotazione differenziale funzioni. Sono state proposte diverse fonti di tale campo seme, ad esempio campi creati da processi di dinamo durante l'evoluzione della stella progenitrice, o campi amplificati durante l'evento di collasso del nucleo che porta alla formazione della stella di neutroni. In entrambi i casi, il campo magnetico iniziale deve essere assialsimmetrico e sufficientemente intenso da evitare la dissipazione ohmica del campo magnetico attraverso i moti turbolenti dei fluidi che si sviluppano durante l'evoluzione della stella di neutroni. È stato suggerito che la convezione che avviene negli strati esterni della neonata magnetar potrebbe contribuire al confinamento e all'amplificazione di questo campo.

Una possibilità interessante è che il campo magnetico seme sia il risultato del flusso magnetico che viene portato verso l’interno dal gas in accrescimento durante il fallback della supernova. L’interazione magnetoidrodinamica di questa materia in caduta con il campo magnetico della stella di neutroni potrebbe spiegare diverse proprietà chiave osservate nelle magnetar. In particolare, è stato suggerito che ciò potrebbe dare origine a una componente toroidale del campo magnetico, la multipolarità del campo osservato, e forse anche spiegare l'origine delle magnetar a periodo ultra lungo.