Sì, "le ultime macchie del tramonto si erano sciolte" è una metafora. Le metafore sono figure retoriche che confrontano due cose diverse senza usare le parole "come" o "come". In questo caso la metafora paragona gli ultimi raggi di sole che scompaiono nel cielo a macchie che si sciolgono. Questo confronto suggerisce che il tramonto sta svanendo e scomparendo, proprio come le macchie potrebbero gradualmente sbiadire e scomparire da una superficie nel tempo.