Tutte le forme di vita conosciute dall'umanità appartengono a un cosiddetto "regno", ma non è sempre facile sapere perché una forma di vita appartiene a un determinato regno e non a un altro. I regni Protista e Monera contengono entrambi forme di vita a cellula singola, ma sono distinti l'uno dall'altro.
Nucleo

Una grande differenza tra monerani e protisti sta nel nucleo, che è il "centro di comando" di una cellula. I monerani non hanno un vero nucleo, mentre i protisti hanno i nuclei legati nelle loro membrane nucleari. Gli scienziati classificano gli organismi con veri nuclei come eucarioti e gli organismi senza di loro come procarioti.
Complessità

Oltre all'inclusione di un vero nucleo, i protisti sono più complessi dal punto di vista organizzativo rispetto ai monerani. I protisti esibiscono caratteristiche chiamate organelli che hanno vari lavori nella cellula e possono presentare metodi di movimento visibili. I monerani non hanno questo tipo di caratteristiche.
Dimensioni

Le dimensioni delle diverse specie all'interno di ogni regno variano, ma i protisti sono generalmente più grandi dei monerani. I protisti sono talvolta visibili anche con solo una lente d'ingrandimento. I monerani sono di solito molto più piccoli di così. Tuttavia, i batteri blu-verdi, che appartengono al monera, sono più grandi.