Dopo aver eseguito campioni di DNA su un gel di agarosio e aver scattato una foto, è possibile salvare l'immagine per un secondo momento, a quel punto è possibile analizzare i risultati e interpretarli. Il tipo di cose che stai cercando dipenderà dalla natura del tuo esperimento. Ad esempio, se stai facendo impronte digitali con il DNA, ti consigliamo di confrontare la dimensione dei pezzi di DNA di due campioni, forse dal campione sospetto e da un campione del crimine. Se stai lavorando con plasmidi da batteri, al contrario, potresti dover verificare che il plasmide contenga l'inserto. Di conseguenza, il modo in cui interpreti il ​​tuo gel dipenderà in parte dall'esperimento che hai fatto. Tuttavia, ci sono alcune regole generali che puoi applicare.

Partendo dalla parte superiore dell'immagine, misura la distanza di ogni banda nella corsia "standard" del tuo gel (ovvero la scala). La corsia standard contiene pezzi di DNA di cui è già nota la dimensione, quindi dovresti già conoscere la dimensione di ciascuno prima di iniziare l'esperimento. Misura anche la distanza percorsa dalle bande in ciascuna delle corsie campionarie.

Dividi la distanza di ogni standard e ogni banda nei campioni percorsi dalla distanza fino al fondo del gel. Il risultato è chiamato la mobilità relativa. Puoi utilizzare il programma per fogli elettronici per eseguire l'aritmetica per te se renderà questo passo più veloce.

Inserisci la mobilità e le dimensioni relative di ogni standard nel tuo foglio di calcolo, quindi utilizza lo strumento grafico del tuo foglio di calcolo per creare un grafico di questi dati con relativa mobilità sull'asse x e dimensione su y.

Adatta una linea al grafico usando la regressione non lineare. Consulta la sezione Aiuto del tuo foglio di calcolo se hai bisogno di sapere come fare. Si dovrebbe finire con un'equazione, forse una simile alla seguente:

y = (0.3) x ^ -2.5

Si noti che x qui sarà la mobilità relativa, mentre y è la dimensione. Nota anche che la tua equazione potrebbe avere numeri completamente diversi per l'esponente e il coefficiente - questa equazione è solo fornita come esempio ipotetico.

Prendi la mobilità relativa per le bande dal tuo campione e collegalo come x per calcolare la dimensione dei pezzi di DNA nelle bande dei campioni.

Supponiamo che l'equazione derivata dal tuo foglio di calcolo sia effettivamente y = (0,3) x ^ -2,5 e la mobilità relativa di una particolare banda campione sia 0,68 . Sostituendo 0.68 nella tua equazione, trovi quanto segue:

y = (0.3) (0.68) ^ - 2.5

Usando la tua calcolatrice, rilanci 0.68 alla -2.5 e trovi quanto segue:

y = (0.3) (2.62)

y = 0.786

che sarebbe quindi la dimensione stimata in kilobases del DNA in una delle bande del campione.

Plasmidi

Si noti che potrebbe essere necessario o meno utilizzare le istruzioni in questa sezione. L'elettroforesi su gel di agarosio viene spesso utilizzata per confermare che un plasmide contiene un dato inserto. Se non stai lavorando con plasmidi, puoi saltare questa sezione. Se si è, tuttavia, è possibile seguire queste istruzioni.

Si noti che se si lavora con plasmidi non tagliati o intaccati, non è possibile stimare la dimensione utilizzando la procedura della precedente sezione 1. Questo perché i plasmidi non tagliati e intaccati migrano a velocità diverse dal DNA lineare.

Confronta il numero di bande in ogni corsia. Ricordiamo che un enzima di restrizione taglia il DNA nei siti in cui si verifica una determinata sequenza chiamata sito di restrizione. Se un campione è stato trattato con due enzimi di restrizione, dovrebbero essere presenti sia una banda per l'inserto che una banda per il resto del plasmide. Questo perché l'inserto sarà affiancato da due siti di restrizione, ciascuno per un enzima diverso, quindi tagli in entrambi i siti libereranno l'inserto dal plasmide. Un taglio in un solo sito, al contrario, convertirà il plasmide in DNA lineare. Un taglio di esempio senza enzimi di restrizione o un enzima di restrizione, quindi, dovrebbe presentare una singola banda, mentre un campione tagliato con due enzimi di restrizione dovrebbe presentare due bande.

Cerca le bande create dal DNA plasmidico intaccato. Un plasmide intaccato ha un taglio solo in un singolo filamento, quindi migra più lentamente di un plasmide tagliato. Taglia i plasmidi a loro volta migra più lentamente rispetto al DNA non tagliato.

Stimare la dimensione dell'inserto usando la procedura descritta nella Sezione 1 e determinare se corrisponde alle tue aspettative (che varieranno a seconda dell'esperimento.)