La dimensione dei mitocondri può variare a seconda del tipo di cellula e dell'organismo, ma in genere varia da 0,75 a 3 micrometri di diametro. In altre parole, sono molto piccoli, hanno all’incirca le dimensioni di un batterio. I mitocondri sono spesso descritti come a forma di fagiolo o ovali, ma possono anche avere altre forme, come sfere o bastoncini.