1. Alghe verdi (clorofita) :Questi sono i più strettamente correlati alle piante terrestri, contenenti clorofilla a e b. Possono essere single a cellule, coloniali o multicellulari.
2. Alghe rosse (Rhodophyta) :Queste alghe contengono la clorofilla A e la filoertrina, un pigmento rosso, che dà loro il loro colore. La maggior parte sono multicellulari e per lo più marine.
3. Alghe marroni (Phaeophyta) :Questo gruppo contiene la clorofilla A e C, così come la fucoxantina, un pigmento marrone. Sono per lo più multicellulari e trovati in acque fredde e temperate.
4. Diatomee (Bacillariophyceae) :Queste sono alghe single a cellule con intricate pareti cellulari di silice. Sono estremamente abbondanti in ambienti di acqua dolce e marina.
5. Dinoflagellates (Dinophyceae) :Queste alghe single a cellule hanno due flagelli e sono spesso responsabili di fioriture di alghe dannose. Alcuni dinoflagellati possiedono anche proprietà bioluminescenti.
Mentre ci sono altri gruppi più piccoli di alghe, questi cinque sono i più importanti e diversi.