Enterobacter Aerogenes è un batterio Gram-negativo con una morfologia a forma di asta . Ciò significa che ha una parete cellulare che non trattiene la macchia di viola cristallina utilizzata nella colorazione Gram e le sue cellule appaiono come aste cilindriche corte al microscopio.

Mentre la sua disposizione cellulare non è una caratteristica distintiva, Enterobacter Aerogenes si verifica in genere in coppia o catene corte . Questa disposizione non è così strettamente raggruppata come una disposizione "coccus" (batteri sferici nei cluster) o estesa come una disposizione "filamentosa" (strutture lunghe a catena).

È importante notare che la disposizione specifica può variare a seconda delle condizioni di crescita e dello stadio del ciclo di vita batterico.