Streptococcus pneumoniae, come tutti gli organismi viventi, codifica le sue informazioni genetiche in acido deossiribonucleico (DNA) .

Mentre alcuni virus usano l'RNA come materiale genetico, tutti i batteri noti, tra cui S. pneumoniae, archiviano le loro informazioni genetiche nel DNA. Questo DNA è organizzato in un singolo cromosoma circolare.