Protoni: 42
Neutroni: 56
Elettroni: 42
Ogni atomo di molibdeno ha 42 protoni nel suo nucleo, che gli conferiscono una carica positiva di +42. Per mantenere la neutralità elettrica, un atomo di molibdeno neutro ha anche 42 elettroni che orbitano attorno al suo nucleo. Il numero di neutroni può variare, dando origine a diversi isotopi di molibdeno. L'isotopo più comune è il molibdeno-98 (Mo-98), che ha 56 neutroni.