Il legame intermolecolare del metanolo è il legame idrogeno. Il legame idrogeno è un'interazione dipolo-dipolo che si verifica tra un atomo di idrogeno legato a un atomo altamente elettronegativo (come ossigeno, azoto o fluoro) e un altro atomo elettronegativo. Nel caso del metanolo, l'atomo di idrogeno del gruppo ossidrile è legato all'atomo di ossigeno altamente elettronegativo, il che crea una carica parziale positiva sull'atomo di idrogeno. Questa carica positiva parziale può quindi interagire con la carica negativa parziale su un altro atomo di ossigeno in una molecola di metanolo vicina, formando un legame idrogeno.