Lisi cellulare:l'SDS, un detergente anionico, distrugge il doppio strato fosfolipidico delle membrane cellulari interagendo con le code idrofobiche dei fosfolipidi. Questa interazione porta alla disintegrazione della membrana, provocando la rottura della cellula e il rilascio del suo contenuto.
Solubilizzazione dei componenti cellulari:dopo la lisi cellulare, l'SDS aiuta a solubilizzare e mantenere la solubilità di vari componenti cellulari, inclusi proteine e lipidi, denaturandoli e impedendo loro di aggregarsi. Ciò garantisce che il DNA rimanga accessibile e facilita le fasi successive del processo di isolamento.
Denaturazione delle proteine:l'SDS ha la capacità di denaturare le proteine, che è fondamentale per l'isolamento del DNA. Le proteine si legano strettamente al DNA e possono ostacolarne l’estrazione. Denaturando le proteine, la SDS interrompe queste interazioni proteina-DNA, consentendo un'efficiente separazione del DNA da altri componenti cellulari.
Accessibilità del DNA:la denaturazione delle proteine espone anche le molecole di DNA, rendendole più accessibili agli enzimi e ai reagenti utilizzati nelle fasi successive del protocollo di isolamento del DNA.
Complessi proteici SDS:la SDS forma micelle, che sono strutture sferiche con un interno idrofobo e un esterno idrofilo. Le proteine denaturate si legano alle regioni idrofobiche delle micelle SDS, formando complessi che le mantengono in soluzione e prevengono la loro interferenza con la purificazione del DNA.
Precipitazione degli acidi nucleici:in alcuni metodi di isolamento del DNA, come il metodo CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide), l'SDS può essere utilizzato per migliorare la precipitazione degli acidi nucleici. Forma complessi con CTAB, che a sua volta si lega alla struttura portante del DNA caricato negativamente, promuovendo la formazione di densi precipitati di acido nucleico-detergente che possono essere facilmente pellettizzati mediante centrifugazione.
È importante notare che l'SDS può inibire l'attività di alcuni enzimi, come gli enzimi di restrizione, quindi la sua concentrazione e la durata dell'esposizione al DNA devono essere attentamente controllate durante la procedura di isolamento del DNA per prevenirne la degradazione.
