Il tipo più comune di cristalli minerali depositati nella sostanza organica fondamentale è l'idrossiapatite, che è un composto di fosfato di calcio. Altri tipi di cristalli minerali che possono essere depositati includono carbonato di calcio, ossalato di calcio e fosfato di magnesio. La composizione dei cristalli minerali dipende dal pH e dalle concentrazioni di ioni dell'ambiente circostante.
La deposizione di cristalli minerali nella sostanza organica fondamentale può avere numerosi effetti sui tessuti. In alcuni casi può portare alla formazione di strutture dure e fragili, come ossa e denti. In altri casi, può portare alla formazione di tessuti molli e flessibili, come la cartilagine. Anche la deposizione di cristalli minerali può influenzare la funzione del tessuto. Ad esempio, il deposito di calcio nei vasi sanguigni può portare all’aterosclerosi, ovvero un restringimento delle arterie.