Nello ione IO4-, l'atomo di iodio è circondato da quattro atomi di ossigeno, formando una struttura tetraedrica. L'angolo di legame tra l'atomo di iodio e ciascun atomo di ossigeno è di 109,5 gradi. Questo angolo è coerente con la geometria tetraedrica dello ione, che ha quattro legami equivalenti dall'atomo di iodio ai quattro atomi di ossigeno.