Ecco perché:
* soluzioni alcaline denatura DNA: Alte soluzioni di pH (alcalino) rompono i legami idrogeno che tengono insieme i due fili del DNA, portando a DNA a singolo filamento. Sebbene ciò possa sembrare utile per l'ibridazione, denigrerebbe anche le sonde utilizzate nel processo, rendendole inefficaci.
* L'ibridazione si basa sul DNA a singolo filamento: L'ibridazione si verifica tra molecole di DNA a singolo filamento complementari . Tuttavia, il processo di denaturazione deve essere attentamente controllato.
Ecco come funziona il processo in genere:
1. Il DNA è denaturato: Il DNA viene riscaldato a una temperatura elevata (in genere circa 95 ° C) per rompere i legami idrogeno e separare i fili.
2. Ibridazione: Il DNA denaturato (DNA bersaglio) viene quindi raffreddato lentamente, consentendo a fili complementari di sonde di ricottura (ibridazione) alle sequenze target.
3. Trattamento alcalino (opzionale): * Dopo* ibridazione, alcuni protocolli utilizzano una soluzione alcalina lieve per rimuovere le sonde illimitate.
Pertanto, il trattamento alcalino non viene utilizzato prima dell'ibridazione ma può essere utilizzato in determinati passaggi dopo l'ibridazione per il lavaggio e la rimozione di sonde non legate.
