* idrogeno solforato (H₂s): Trovati nelle prese d'aria idrotermiche e in altri ambienti, questi organismi ossidano gli H₂s allo zolfo, rilasciando energia nel processo. Questa è una fonte di energia comune per molti organismi di acque profonde.
* ammoniaca (NH₃): Alcuni batteri usano l'ammoniaca come fonte di energia ossidandolo in nitrito (no₂⁻). Questo processo è importante nel ciclo di azoto.
* Iron (Fe²⁺): Alcuni batteri possono ossidare il ferro ferroso (Fe²⁺) per ferro ferrico (Fe³⁺) per ottenere energia. Questo processo è spesso osservato in ambienti acidi.
* metano (ch₄): I batteri metanotrofi possono ossidare il metano, un gas serra, all'anidride carbonica (CO₂), ottenendo energia nel processo. Questo è importante per la regolazione dei livelli di metano atmosferico.
* solfito (So₃²⁻): Alcuni batteri possono ossidare il solfito in solfato (So₄²⁻), rilasciando energia. Questo processo viene utilizzato in varie applicazioni industriali.
Queste fonti energetiche si trovano spesso in ambienti duri ed estremi, come prese d'aria in acque profonde, aree vulcaniche e ambienti acidi. I chemioautotrofi svolgono un ruolo cruciale in questi ecosistemi fornendo la fonte di energia primaria per altri organismi.