I funghi svolgono un ruolo importante nel ciclo dell'energia all'interno e tra gli ecosistemi. I funghi si trovano in ambienti terrestri, marini e d'acqua dolce e fanno parte di una variegata comunità di "decompositori" che distruggono piante e animali morti. Oltre ai funghi, questa comunità comprende batteri, piccoli invertebrati, come i nematodi e invertebrati più grandi, come lumache, scarafaggi e lombrichi. I funghi trasformano la materia organica in forme che possono essere utilizzate da altri decompositori e in cibo per le piante.
Decomposizione

I funghi vivono ovunque sia presente l'umidità. Possono essere trovati come organismi a cellula singola, come il lievito, che sono invisibili a occhio nudo e come organismi a cellula multipla, come i funghi, che sono costituiti da filamenti di cellule chiamate "ife". I funghi sono così diffusi e numerosi che costituiscono gran parte della biomassa in un dato ecosistema. I funghi svolgono un ruolo molto importante nel processo di decomposizione, perché possono scomporre materiali organici difficili, come cellulosa e lignina, che gli invertebrati trovano difficili da digerire. I funghi rilasciano enzimi digestivi che vengono utilizzati per metabolizzare composti organici complessi in nutrienti solubili, come zuccheri semplici, nitrati e fosfati. A differenza degli animali, che digeriscono il cibo all'interno dei loro corpi, i funghi digeriscono il cibo al di fuori dei loro "corpi" e quindi assorbono i nutrienti nelle loro cellule.
Nutrienti Ciclismo

Le piante richiedono nutrienti per la crescita, ma i nutrienti raramente sono liberamente liberi disponibile nel suolo o nell'acqua perché sono rinchiusi in composti insolubili. Le piante si affidano quindi ai decompositori per fornire loro sostanze nutritive solubili che possono essere assorbite dalle radici. Ad esempio l'azoto, uno dei più importanti nutrienti delle piante, è bloccato nelle proteine che non sono facilmente assorbite dalle piante, anche se alcune piante hanno dimostrato di farlo. I funghi metabolizzano le proteine e rilasciano forme inorganiche di azoto, come il nitrato, che possono essere facilmente assorbite dalle radici delle piante. Negli ambienti di acqua dolce i funghi sono fondamentali per il trasferimento di energia dalla foresta rivierasca agli ecosistemi acquatici, mediante la decomposizione del legno e dei rifiuti di foglie che cadono nell'acqua. Nei sistemi terrestri, i funghi trasferiscono energia da sopra il suolo, sotto di essa, dove viene riciclata di nuovo nelle piante.
Simbiosi

Alcune specie di funghi formano relazioni simbiotiche con le piante. I funghi micorrizici sono associati alle radici delle piante. Questa relazione è reciprocamente vantaggiosa perché i funghi facilitano il trasferimento di nutrienti dal terreno alle radici delle piante e, a loro volta, ricevono carbonio dalla pianta. Il carbonio viene immagazzinato dai funghi nel terreno e quindi non viene rilasciato come anidride carbonica. Una volta si pensava che le piante fossero l'unica fonte di carbonio per i funghi micorrizici. Tuttavia, un articolo pubblicato nel numero di maggio 2008 di "Ecologia funzionale" rivela che i funghi micorrizici possono decomporre attivamente il carbonio organico e quindi svolgere un ruolo maggiore nella perdita di carbonio e nell'input dal suolo di quanto si pensasse in precedenza. I licheni sono un altro tipo di funghi che formano una relazione simbiotica, ma lo fanno con i cianobatteri. I licheni forniscono riparo ai batteri, che a loro volta producono energia e carbonio per i licheni attraverso la fotosintesi.
Fonte alimentare

Ci sono molti animali che si affidano parzialmente o totalmente ai funghi come fonte alimentare. I mammiferi erbivori tendono ad essere alimentatori di funghi opportunisti, mangiando funghi se si imbattono in esso mentre navigano nella foresta. Tuttavia, per alcuni animali i funghi costituiscono gran parte della loro dieta. Esempi sono il caribù, che si basa pesantemente sui licheni degli alberi per il cibo durante l'inverno quando non sono disponibili cibi a foglia verde, e il potoroo dal naso lungo, un mammifero australiano la cui dieta consiste quasi interamente di corpi fruttiferi fungini. Molti invertebrati mangiano anche funghi, sia opportunisticamente che attivamente. Gli invertebrati del ruscello ricevono energia extra quando mangiano foglie in decomposizione che hanno funghi che crescono su di loro. Le lumache alla banana sono comunemente osservate nutrirsi di funghi e altri funghi, che sembrano favorire rispetto ad altri alimenti.