I deserti contengono una varietà di funghi. Alcune colonie di tipi di funghi del deserto possono vivere per milioni di anni prolungando il processo di sviluppo. Altri creano relazioni simbiotiche con altri organismi per garantire la sopravvivenza. I funghi del deserto possono rimanere dormienti nel terreno del deserto fino a quando non vengono disturbati, quindi attaccare con spore tossiche che causano gravi malattie. Alcuni tipi di funghi del deserto possono dipingere tele del deserto con pezzetti di colori vivaci.
Licheni

I licheni, noti come "piante pioniere", sono piccoli organismi che possono sopportare ambienti difficili e caldi e freddi e siccità. Il corpo di un lichene, o tallo, è composto da alghe e funghi che crescono insieme in una relazione simbiotica. Le cellule di alghe forniscono sostanze nutritive per il fungo e il fungo protegge le alghe dalle condizioni atmosferiche.

I licheni possono crescere su superfici insolite come sabbia, rocce, terra, ossa di animali e metallo arrugginito. I licheni crescono in una gamma di colori come sfumature di rosso, arancione, giallo, verde e marrone. Più di una dozzina di specie di funghi possono crescere su un masso.

Sono note circa 15.000 specie di licheni. Alcuni licheni come i licheni crostosi (un fungo crostoso) possono vivere per centinaia o migliaia di anni a causa di un tasso di crescita lenta. I licheni crostosi possono svilupparsi sulle rocce. Alcuni licheni sono in pericolo perché l'aria e l'acqua piovana contaminate possono distruggere le cellule di alghe, uccidendo il partner fungino.
Micorrize

Le micorrize sono sistemi di piante fungine che sviluppano una relazione simbiotica con le radici delle piante. Le radici forniscono i nutrienti necessari e un sito in cui i funghi possono attaccare i loro fili. I funghi proteggono la pianta da attacchi come agenti patogeni e i loro fili funzionano come un apparato radicale per aiutare la pianta a ricevere acqua e sostanze nutritive aggiuntive. Una volta sviluppata la relazione, una pianta può dipendere dalle Micorrize quando i suoi nutrienti vengono sospesi.

Le Micorrize sono divise in due tipi: ectomicorrize ed endomicorrize. Ectomycorrhizae produce una copertura intorno alle radici di una pianta. Il rivestimento cresce ife (costituenti filiformi del corpo del fungo) nelle radici, quindi nel terreno. I fili di Endomycorrhizae crescono nelle cellule e poi nel terreno. Il fungo migliora la resistenza alla siccità, l'immunità alle malattie e l'assorbimento dei nutrienti per la pianta ospite.
Funghi

Podaxis, o criniera nel deserto, si trova nel deserto di Sonora e in altri deserti di tutto il mondo. La podaxis è correlata alla famiglia dei funghi Agaricaceae. è legnoso e fibroso. Il corpo fruttifero del Podaxis nasce da suoli desertici, sabbiosi e dai bordi delle strade dopo le stagioni delle piogge. Tuttavia, se non piove, il corpo fruttifero non emergerà. Il pileus (cappuccio) rimane chiuso durante il processo di sviluppo per proteggere il tessuto fertile, le branchie e le spore a doppia parete dall'essiccamento.
Coccidioides

Il genere Coccidioides è un fungo del suolo che comprende due specie: Coccidioides immitis e Coccidioides posadasii. Entrambe le specie si trovano nei terreni desertici del Nord e del Sud America. Ogni specie crea ife e spore nel terreno. Quando il terreno contenente le spore viene disturbato dall'uomo o da attacchi naturali come tempeste di polvere, le spore diventano sospese nell'aria. L'inalazione di spore può causare un'infezione fungina non contagiosa chiamata coccidiodomicosi o febbre della valle. In rari casi, se vengono inalate una miriade di spore di entrambe le specie, può essere fatale.