Esistono due tipi principali di microscopi elettronici:
* Microscopio elettronico a trasmissione (TEM): Questo tipo di microscopio utilizza un raggio di elettroni per illuminare un campione sottile. Gli elettroni passano attraverso il campione e sono quindi focalizzati da lenti magnetiche per creare un'immagine su uno schermo. I TEM sono usati per studiare la struttura interna di cellule, materiali e altri oggetti.
* Microscopio elettronico a scansione (SEM): Questo tipo di microscopio utilizza un raggio focalizzato di elettroni per scansionare la superficie di un campione. Gli elettroni interagiscono con il campione, producendo segnali utilizzati per creare un'immagine. I SEM sono usati per studiare le caratteristiche superficiali dei materiali, tra cui la loro topografia, composizione e struttura cristallina.
Sia TEM che SEM offrono una risoluzione molto più elevata rispetto ai microscopi ottici, consentendo agli scienziati di visualizzare gli oggetti sulla nanoscala.