Le tempeste si formano quando la Luna è più vicina a Giove. L'interazione del debole campo magnetico di Ganimede con il potente campo magnetico di Giove può creare scariche elettriche e fulmini, che possono riscaldare l'atmosfera e spingere i venti. Questi venti possono raggiungere velocità superiori a 100 chilometri orari e causare la formazione di nuvole visibili.
Le tempeste di Ganimede sono molto più piccole e meno frequenti di quelle sulla Terra o su Giove. Sono anche più localizzati e si verificano principalmente vicino ai poli lunari. Tuttavia, forniscono la prova che Ganimede è un mondo dinamico con un’atmosfera attiva.