1. Difficile da controllare e manipolare: I raggi cosmici sono naturali e le loro proprietà come l'energia e la direzione del viaggio non sono facilmente controllate. Ciò rende difficile utilizzarli per applicazioni specifiche, a differenza delle fonti di radiazioni artificiali che possono essere manipolate.
2. potenziali rischi per la salute: I raggi cosmici ad alta energia possono interagire con la materia, incluso il tessuto vivente, e potenzialmente causare danni. Mentre l'intensità dei raggi cosmici è generalmente bassa, un'esposizione prolungata, specialmente ad alte quote o nello spazio, può aumentare il rischio di malattia da radiazioni e cancro.