Quando gli scienziati vogliono sapere quanti microrganismi ci sono in una soluzione di batteri o funghi, di solito è troppo dispendioso in termini di tempo per contare ogni singola cellula al microscopio. Diluendo un campione di microbi e spargendolo su una piastra di Petri, i microbiologi possono invece contare gruppi di microbi, chiamati colonie, ad occhio nudo. Si presume che ogni colonia sia cresciuta da una singola unità formante colonie, o CFU.

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Gli scienziati possono quindi utilizzare il conteggio CFU per determinare all'incirca quanti microbi erano nel campione originale . Ad esempio, se 200 colonie vengono contate su una piastra prodotta con un campione da 1 millilitro di una soluzione diluita 1.000 volte rispetto alla sua resistenza originale, la soluzione originale contiene circa 200.000 CFU per millilitro. Tuttavia, ogni CFU non corrisponde necessariamente a un singolo microbo; se le cellule si uniscono in blocchi o catene, il CFU fa riferimento a questi raggruppamenti.