Esistono molte differenze tra cellule procariotiche ed eucariotiche. Alcune di queste differenze sono strutturali mentre altre sono procedurali. Due dei processi che sono sostanzialmente diversi tra procarioti ed eucarioti sono l'espressione genica e la sua regolazione. Entrambi i tipi di cellule trascrivono il DNA in mRNA, che viene poi tradotto in polipeptidi, ma le specificità di questi processi differiscono.
Luogo

I procarioti mancano di nuclei e altri organelli, che sono compartimenti speciali legati alla membrana mentre gli eucarioti li hanno. In effetti, la parola "eucariote" significa "vero nucleo". Negli eucarioti il genoma della cellula si trova nel nucleo. La trascrizione avviene quindi nel nucleo e la trascrizione dell'mRNA viene successivamente esportata attraverso i pori nucleari (pori dell'involucro nucleare) nel citoplasma per la traduzione. Al contrario, la trascrizione e la traduzione procariotiche non sono separate spazialmente o temporalmente.
Iniziazione della trascrizione

Gli elementi promotori sono brevi sequenze di DNA che si legano ai fattori di iniziazione trascrizionale di una cellula. I procarioti hanno tre elementi promotori: uno a monte del gene trascritto, uno a 10 nucleotidi a valle di esso e uno a 35 nucleotidi a valle. Gli eucarioti hanno una serie molto più ampia di elementi promotori, il principale è la scatola TATA. I fattori di iniziazione della trascrizione eucariotica formano un complesso di iniziazione, che si dissocia alla fine dell'iniziazione. I fattori di iniziazione della trascrizione procariotica non assemblano un complesso di iniziazione.
Ribosomi

I ribosomi sono siti di traduzione composti da RNA e proteine che si legano all'mRNA e al tRNA di una cellula. I procarioti hanno ribosomi 70S mentre gli eucarioti hanno ribosomi 80S. La "S" si riferisce al coefficiente di sedimentazione, una misura della dimensione, della massa e della forma di una particella. Un ribosoma 80S è composto da una subunità 40S e una subunità 60S mentre un ribosoma 70S è costituito da una subunità 30S e una subunità 50S.
MRNA policistronico

Oltre ad avere diversi macchinari di trascrizione e traduzione, procarioti e gli eucarioti differiscono nella loro regolazione genica. La regolazione eucariotica è molto più complessa e spesso si basa su vari meccanismi di feedback, processi di sviluppo e fattori ambientali. Al contrario, i procarioti regolano intere vie metaboliche piuttosto che regolando ciascun enzima separatamente. Gli enzimi batterici per un dato percorso sono adiacenti l'uno all'altro sul DNA di una cellula e sono trascritti in un mRNA. Questo mRNA è chiamato mRNA policistronico. Quando una cellula ha bisogno di più o meno degli enzimi di una via, trascrive semplicemente più o meno dell'mRNA di quella via.