1. Ripetizioni terminali invertite (TIR):molti elementi trasponibili, come i trasposoni del DNA, hanno ripetizioni terminali invertite (TIR) alle loro estremità. I TIR agiscono come sequenze di riconoscimento specificamente legate dagli enzimi trasposasi. Le trasposasi possono riconoscere e legarsi ai TIR, facilitando l'integrazione dell'elemento trasponibile nel genoma ospite.
2. Duplicazioni del sito target (TSD):alcuni trasposoni, come i retrotrasposoni, generano duplicazioni del sito target (TSD) al momento della loro integrazione. I TSD sono ripetizioni brevi e dirette che fiancheggiano l'elemento trasponibile inserito. Le trasposasi coinvolte nella retrotrasposizione possono riconoscere e inserire l'elemento trasponibile in regioni con specifici motivi di sequenza del DNA o caratteristiche strutturali che consentono un'integrazione efficiente.
3. Riparazione diretta dall'omologia (HDR):alcune sequenze di DNA mobile, in particolare i retrotrasposoni noti come LINE (Long Interspersed Nuclear Elements), possono utilizzare meccanismi di riparazione diretta dall'omologia (HDR) per trovare i loro siti bersaglio. L'HDR consente l'integrazione precisa delle sequenze di DNA in regioni specifiche del genoma ospite in base all'omologia delle sequenze. I LINE possono utilizzare le proprie sequenze interne o sequenze di altre regioni genomiche come modelli per l'HDR, consentendo l'inserimento mirato.
4. Priming del target:alcuni retrotrasposoni, come i SINE (Short Interspersed Nuclear Elements), utilizzano un processo chiamato priming del target per l'inserimento. Il priming del bersaglio coinvolge l'enzima trascrittasi inversa del retrotrasposone che scansiona il genoma dell'ospite per sequenze specifiche, come i geni tRNA o altri elementi SINE. La trascrittasi inversa utilizza quindi queste sequenze come primer per avviare la trascrizione inversa dell'elemento trasponibile, portando alla sua integrazione nella posizione innescata.
5. Accessibilità della cromatina:l'accessibilità delle regioni della cromatina influenza anche il targeting delle sequenze mobili di DNA. Gli enzimi trasposasi possono mostrare preferenze per l'integrazione in regioni cromatiniche aperte o accessibili, dove il DNA è meno compatto. Ciò consente un inserimento e un'integrazione più efficienti dell'elemento trasponibile nel genoma ospite.
È importante notare che i meccanismi di targeting delle sequenze di DNA mobile possono essere complessi e variare tra diverse classi e famiglie di elementi trasponibili. Le preferenze e i meccanismi di targeting specifici possono anche evolversi nel tempo, contribuendo alla diversità e alla dinamica degli inserimenti di elementi trasponibili all'interno del genoma ospite.
