Il fenotipo rugoso dei semi di pisello è causato da un singolo locus genetico, che codifica per una proteina chiamata enzima di ramificazione dell'amido (SBE). L'SBE è responsabile della sintesi dell'amilopectina, un polisaccaride ramificato che costituisce la maggior parte dell'amido nelle piante. Nel fenotipo rugoso, una mutazione nel gene SBE determina la produzione di una proteina SBE non funzionale, che porta ad una diminuzione della sintesi dell'amilopectina. Ciò si traduce nell'accumulo di molecole di amido più piccole e ramificate, che a loro volta portano all'aspetto rugoso dei semi di pisello.