L'RNA polimerasi sono enzimi responsabili della trascrizione del DNA nell'RNA. Diversi tipi di RNA polimerasi esistono negli eucarioti e nei procarioti, ognuno con le sue funzioni specifiche e le sequenze di riconoscimento del promotore.
* RNA polimerasi (RNAP) :La singola RNA polimerasi nei procarioti trascrive tutti i tipi di RNA (mRNA, tRNA, rRNA).
* Struttura del promotore:
* -10 elemento (box Pribnow): Sequenza Tataat situata a circa 10 coppie di basi a monte dal sito di avvio della trascrizione.
* -35 elemento: Sequenza TTGACA situata circa 35 coppie di basi a monte dal sito di avvio della trascrizione.
* Elementi a monte: Alcuni promotori hanno ulteriori elementi ulteriormente a monte, influenzando l'efficienza di trascrizione.
* RNA polimerasi I (pol I): Responsabile della trascrizione di geni ribosomiali RNA (rRNA).
* Struttura del promotore:
* Promotore principale: Una regione contenente un elemento centrale e un elemento di controllo a monte (UCE).
* Elemento principale: Una breve sequenza situata a circa 40 bp a monte del sito di avvio della trascrizione.
* Uce: Una regione situata a circa 100 bp a monte del sito di avvio della trascrizione, spesso contenente una sequenza conservata chiamata "elemento a monte" (UE).
* RNA polimerasi II (Pol II): Trascrive geni codificanti per proteine (mRNA) e alcuni piccoli geni di RNA nucleare (snRNA).
* Struttura del promotore:
* Promotore principale: In genere contiene i seguenti elementi:
* Tata Box: Una sequenza conservata situata a circa 25-30 bp a monte del sito di avvio della trascrizione.
* Iniziatore (INR): Una sequenza situata attorno al sito di avvio della trascrizione.
* Elemento promotore a valle (DPE): Situato a valle del sito di avvio della trascrizione.
* BRE (elemento di riconoscimento TFIIB): Una sequenza situata a monte della scatola Tata, riconosciuta dal fattore di trascrizione IIB (TFIIB).
* Elementi normativi a monte: Questi elementi possono essere posizionati centinaia o addirittura migliaia di coppie di basi a monte del promotore di base e influenzano il tasso di trascrizione. Esempi includono:
* CAAT Box: Una sequenza di consenso che lega i fattori di trascrizione.
* GC Box: Una sequenza ricca di GC riconosciuta da fattori di trascrizione.
* Gestitori: Sequenze di DNA che possono stimolare la trascrizione, spesso situate lontano dal promotore di base.
* RNA polimerasi III (Pol III): Trascrive RNA di trasferimento (tRNA), RNA ribosomiale 5S (5S rRNA) e alcuni piccoli geni di RNA nucleare (snRNA).
* Struttura del promotore:
* Promotore interno: Situato all'interno della regione trascritta per i geni rRNA di tRNA e 5S.
* Promotore a monte: Situato a monte della regione trascritta per alcuni geni snRNA.
| RNA polimerasi | Trascrizioni | Promotori |
| --- | --- | --- |
| Procariotico rnap | mRNA, tRNA, rRNA | -10 elemento, -35 elemento, elementi a monte |
| Eucariotico Pol I | rRNA | Promotore principale, UCE |
| Pol eucariotico Pol II | mRNA, un po 'di snRNA | Core Promoter (Tata Box, INR, DPE, BRE), elementi normativi a monte |
| Eucariotico Pol III | tRNA, 5S rRNA, alcuni snRNA | Promotore interno (per tRNA, 5s rRNA), promotore a monte (per alcuni snRNA) |
Questa tabella non è esaustiva, poiché esistono diversi tipi di promotori e i loro elementi regolatori all'interno di ciascun gruppo. Le sequenze e le strutture specifiche dei promotori possono variare, influenzando l'efficienza e la regolazione della trascrizione.
