I lipidi svolgono un ruolo chiave in molte malattie metaboliche, compresa l'ipertensione, diabete, e ictus. Quindi avere un profilo completo dei lipidi del corpo, il suo "lipidoma", è importante.

Gli studi di lipidomica si basano spesso sulla cromatografia liquida accoppiata alla spettrometria di massa tandem (LC-MS/MS). Ma i ricercatori hanno difficoltà a elaborare i dati abbastanza velocemente, e non sono in grado di identificare con sicurezza e quantificare con precisione le specie lipidiche rilevate.

Identificazioni errate possono portare a interpretazioni biologiche fuorvianti. Tuttavia, gli strumenti esistenti non sono progettati per la verifica ad alto volume delle identificazioni e devono essere verificati manualmente per garantire l'accuratezza. Poiché gli scienziati desiderano sempre più studi lipidomici su scala più ampia, gli analisti hanno bisogno di un software migliore per identificare i lipidi.

Un recente articolo dell'autore principale Jennifer E. Kyle e di otto coautori del Pacific Northwest National Laboratory (PNNL) introduce un software di identificazione dei lipidi open source, Quantificazione e identificazione dei lipidi (LIQUID). Il punteggio è allenabile, il database di ricerca è personalizzabile, e vengono visualizzate più righe di prove, consentendo identificazioni sicure. LIQUID rende disponibili anche ricerche a target singolo e globale, così come le ricerche frammento-pattern. Tutto ciò consente ai ricercatori di tracciare modelli simili e ripetuti di spettri MS/MS.

Rispetto ad altri software liberamente disponibili comunemente usati per identificare i lipidi e altre piccole molecole, LIQUID ha un tempo di elaborazione rapido che può generare un numero maggiore di identificazioni lipidiche convalidate più velocemente. Il suo database di riferimento comprende più di 21, 200 obiettivi lipidici unici in sei categorie di lipidi, 24 classi, e 63 sottoclassi.

LIQUID è in grado di identificare con sicurezza più specie lipidiche con un'elaborazione combinata e un tempo di convalida più rapidi rispetto a qualsiasi altro software nel suo campo.

Qual è il prossimo?

Gli sviluppatori di LIQUID aumenteranno la libreria di riferimento per includere lipidi che possono essere unici per particolari stati patologici o per organismi provenienti da nicchie ambientali selezionate. Ciò significa che i ricercatori saranno in grado di caratterizzare una gamma più diversificata di campioni e quindi migliorare la comprensione dei sistemi biologici e ambientali di interesse.