I pazienti vogliono vedere le loro informazioni mediche. I ricercatori vogliono condividere i loro dati.

Ora, gli scienziati di Scripps Research hanno rilasciato una nuova tecnologia progettata per rendere queste misurazioni più facili da eseguire e più accessibili ai professionisti, scienziati e il pubblico in generale.

"Si tratta davvero di condividere i dati e accelerare il processo di scoperta, "dice Gary Siuzdak, dottorato di ricerca, professore presso Scripps Research e co-autore corrispondente della nuova piattaforma di analisi dei dati aperta XCMS/METLIN, pubblicato di recente in Metodi della natura .

XCMS-MRM e METLIN-MRM rappresentano una piattaforma di analisi basata su cloud che consente agli scienziati di quantificare molecole da campioni biologici e rendere i loro risultati disponibili pubblicamente.

"Quando diciamo "disponibile al pubblico, ' lo intendiamo. Chiunque abbia un computer avrebbe accesso, "dice Siuzdak.

Regia di Siuzdak, il Centro per la metabolomica e la spettrometria di massa presso Scripps Research è specializzato nell'uso di una tecnica chiamata spettrometria di massa per identificare e quantificare piccole molecole, siano essi farmaci o metaboliti naturali. I metaboliti sono fondamentali poiché interagiscono con ogni livello della fisiologia di una persona:il genoma, trascrittoma e il proteoma. Si potrebbe dire che i metaboliti sono i maestri manipolatori della fisiologia e riflettono la firma della salute di un individuo.

Decine di migliaia di laboratori in tutto il mondo generano dati utilizzando la spettrometria di massa, quindi la piattaforma potrebbe essere utile anche al di fuori della medicina, dicono i primi autori dello studio Xavier Domingo-Almenara, dottorato di ricerca, e J. Rafael Montenegro-Burke, dottorato di ricerca, di Scripps Research. Qualsiasi campo che utilizzi la spettrometria di massa potrebbe beneficiare di queste nuove risorse, come le scienze ambientali, prodotti farmaceutici, forense, controllo alimentare e medicina sportiva, aggiungono.

Siuzdak e i suoi colleghi mirano da tempo a mantenere i loro strumenti di ricerca gratuiti e aperti al pubblico. Paul Benton, dottorato di ricerca, analista bioinformatico presso Scripps Research e co-autore corrispondente dello studio, spiega che ospitare la propria piattaforma sul cloud consente a chiunque, dai collaboratori ai pazienti, per verificare la validità dei risultati della spettrometria di massa. "In un'epoca in cui i risultati scientifici sono costantemente messi in discussione, gli open data sono diventati una parte essenziale del processo di discovery, "dice Benton.

L'idea della condivisione dei dati aperti ha preso piede negli ultimi anni. Dal suo lancio nel 2004, la piattaforma XCMS/METLIN è cresciuta fino a oltre 25, 000 utenti, e le molecole nel suo archivio di dati sono balzate da 14, 000 a 150, 000 solo nell'ultimo anno, in parte grazie ad una collaborazione con Calibr, una divisione di Scripps Research.

Le nuove risorse sfruttano le scoperte che consentono agli scienziati di accelerare la ricerca e aumentare la precisione identificando i frammenti chiave di una molecola che la contraddistinguono.

"Non c'è nient'altro nemmeno vicino a questo, "Dice Siuzdak.

Lo studio, "XCMS-MRM e METLIN-MRM:una libreria cloud e una risorsa pubblica per l'analisi mirata di piccole molecole, " includeva altri autori dell'Università di Losanna; Ospedale universitario di Losanna, Ospedali universitari di Ginevra; Università di Umeå e Imperial College di Londra.