Gli scienziati dell'Università di Aberdeen hanno sviluppato una nuova tecnica che potrebbe aiutare a identificare la fonte dell'intossicazione alimentare o dell'infezione in modo più rapido e accurato rispetto ai metodi attuali.

I progressi nel sequenziamento dell'intero genoma (WGS) significano che la sequenza completa del DNA del genoma di un organismo può essere ottenuta in una sola volta.

Ma i metodi per estrarre efficacemente questa ricchezza di informazioni ai fini del controllo delle infezioni devono ancora essere completamente sviluppati.

Scrivere sul diario Rapporti scientifici , i ricercatori delineano una nuova tecnica che hanno dimostrato di poter abbinare il campylobacter e potenzialmente altri comuni patogeni di origine alimentare in modo più accurato alla loro fonte di origine in un lasso di tempo significativamente ridotto.

Il batterio Campylobacter causa più malattie di origine alimentare rispetto a qualsiasi altro organismo, ma individuare dove un paziente ha contratto l'infezione è spesso difficile in quanto può provenire da diversi serbatoi animali tra cui bovini, pollo, maiali, pecore e uccelli selvatici.

La tecnica sviluppata dagli scienziati di Aberdeen si basa su un nuovo metodo di apprendimento automatico, noto come metodo della distanza minima multilocus (MMD), che può essere utilizzato per "addestrare" un computer a identificare probabili fonti con un alto grado di precisione.

Lo studio è stato condotto dal Dr. Francisco Perez Reche e dal Professor Norval Strachan, entrambi dai dipartimenti di fisica e scienze biologiche dell'Università di Aberdeen.

Il dott. Perez Reche ha dichiarato:"Esistono numerosi metodi esistenti per calcolare la probabile fonte di un'infezione, ma per funzionare in modo efficace, usano solo una parte del sequenziamento del genoma, il che significa che i risultati sono meno mirati, o se usano l'intero genoma, l'esecuzione dei calcoli può richiedere fino a due giorni.

"Quando si ha a che fare con un focolaio di infezione, la velocità e l'accuratezza nell'individuare la probabile fonte sono fondamentali.

"Il nostro metodo MMD addestra il computer a identificare le probabili fonti di origine di un'infezione da campylobacter in pochi secondi".

Il professor Strachan ha aggiunto:"Questo ha il potenziale per fornire rapidamente informazioni sulla potenziale fonte di infezione e potrebbe essere utilizzato per informare strategie per ridurre l'intossicazione alimentare".

La tecnica è stata dimostrata a livello teorico, ma saranno necessarie ulteriori ricerche per integrarla in una tecnologia che potrebbe essere a portata di mano dei professionisti della protezione della salute.

Oltre al suo uso nell'intossicazione alimentare, i ricercatori hanno anche esaminato come potrebbe essere applicato all'evoluzione umana abbinando gli individui alle popolazioni, per determinare la distribuzione geografica delle diverse specie e per determinare il tipo di tumori del cancro al seno.