Da più di un decennio, gli scienziati che studiano l'epigenetica hanno utilizzato un potente metodo chiamato ChIP-seq per mappare i cambiamenti nelle proteine ​​e altri fattori regolatori critici nel genoma. Mentre ChIP-seq fornisce preziose informazioni sulle basi della salute e della malattia, affronta anche una sfida frustrante:i suoi risultati sono spesso visti come qualitativi piuttosto che quantitativi, rendendo difficile l'interpretazione.

Ma, si scopre, ChIP-seq potrebbe essere stato quantitativo per tutto il tempo, secondo un recente rapporto selezionato come Editors' Pick by e apparso sulla copertina del Journal of Biological Chemistry .

"ChIP-seq è la spina dorsale della ricerca epigenetica. I nostri risultati sfidano la convinzione che siano necessari ulteriori passaggi per renderla quantitativa, "ha detto Brad Dickson, dottorato di ricerca, uno scienziato del personale del Van Andel Institute e l'autore corrispondente dello studio. "Il nostro nuovo approccio fornisce un modo per quantificare i risultati, rendendo così ChIP-seq più preciso, lasciando inalterati i protocolli standard".

I precedenti tentativi di quantificare i risultati di ChIP-seq hanno portato all'aggiunta di ulteriori passaggi al protocollo, compreso l'uso di "spike-in, " che sono additivi progettati per normalizzare i risultati ChIP-seq e rivelare i cambiamenti dell'istone che altrimenti potrebbero essere oscurati. Questi passaggi aggiuntivi aumentano la complessità degli esperimenti aggiungendo anche variabili che potrebbero interferire con la riproducibilità. lo studio identifica anche un problema di sensibilità nella normalizzazione dei picchi che non è stato discusso in precedenza.

Utilizzando un modello fisico predittivo, Dickson e i suoi colleghi hanno sviluppato un nuovo approccio chiamato metodo sans-spike-in per il sequenziamento quantitativo di ChIP, o siQ-Chip. Consente ai ricercatori di seguire il protocollo standard ChIP-seq, eliminando la necessità di picchi, e delinea anche una serie di misurazioni comuni che dovrebbero essere riportate per tutti gli esperimenti ChIP-seq per garantire la riproducibilità e la quantificazione.

Sfruttando la reazione di legame nella fase di immunoprecipitazione, siQ-ChIP definisce una scala fisica per i risultati del sequenziamento che consente il confronto tra gli esperimenti. La scala quantitativa si basa sull'isoterma di legame dei prodotti di immunoprecipitazione.