Il numero di protoni in un atomo di un elemento è uguale al numero atomico di quell'elemento. Il numero atomico di un elemento è un identificatore univoco per quell'elemento e viene utilizzato per determinarne la posizione nella tavola periodica. Ad esempio, il numero atomico dell'idrogeno è 1, il che significa che un atomo di idrogeno ha 1 protone nel suo nucleo. Il numero atomico dell'elio è 2, il che significa che un atomo di elio ha 2 protoni nel suo nucleo e così via.