Sì, tutti gli atomi che hanno lo stesso numero di protoni appartengono allo stesso elemento. Il numero di protoni in un atomo è chiamato numero atomico ed è ciò che definisce l'elemento. Ad esempio, tutti gli atomi con un protone sono atomi di idrogeno, tutti gli atomi con due protoni sono atomi di elio e così via.

Il numero di neutroni in un atomo può variare e ciò dà origine a diversi isotopi di un elemento. Gli isotopi hanno lo stesso numero di protoni ed elettroni, ma hanno un numero diverso di neutroni. Ad esempio, esistono tre isotopi dell'idrogeno presenti in natura:protio, deuterio e trizio. Il protio ha un protone e nessun neutrone, il deuterio ha un protone e un neutrone e il trizio ha un protone e due neutroni.