1. Legame idrogeno: Il fattore più importante è la formazione di legami idrogeno tra i gruppi di amide della spina dorsale (n-H) e carbonile (c =O) di aminoacidi distanziati a quattro residui lungo l'elica. Questi legami idrogeno creano una rete forte che tiene insieme l'elica.
2. Van der Waals Interazioni: La stretta imballaggio delle catene laterali di aminoacidi all'interno dell'elica contribuisce alla stabilità attraverso le interazioni di van der Waals. Questa interazione deriva dalle fluttuazioni temporanee delle nuvole di elettroni attorno agli atomi, portando ad attrazione debole ma additiva tra gruppi non polari.
3. Interazioni elettrostatiche: Le interazioni elettrostatiche tra le catene laterali cariche possono influenzare la stabilità dell'elica. Ad esempio, le interazioni tra residui caricati positivamente e residui caricati negativamente possono stabilizzare l'elica.
4. Effetto idrofobico: Le catene laterali non polari tendono a raggrupparsi insieme all'interno dell'elica, lontano dalle molecole d'acqua circostanti. Questo effetto idrofobico contribuisce alla stabilità generale dell'elica.
5. Interruzione di prolina e glicina: Prolina, con la sua struttura ciclica, interrompe il modello regolare di legame idrogeno nell'elica. La glicina, con le sue dimensioni ridotte, può anche interrompere l'elica a causa della sua flessibilità.
Fattori che influenzano la stabilità:
* Sequenza di aminoacidi: La sequenza di aminoacidi in una proteina influisce in modo significativo sulla formazione e stabilità dell'elica. Alcuni aminoacidi sono più inclini alla formazione dell'elica rispetto ad altri.
* Condizioni del solvente: La presenza di alcuni solventi o ioni può interrompere il legame idrogeno e influenzare la stabilità dell'elica.
* Temperatura: L'aumento della temperatura può interrompere i legami idrogeno e altre interazioni, portando allo sviluppo dell'elica.
Nel complesso, la stabilità di un'elica alfa è una complessa interazione di vari fattori. Mentre il legame idrogeno svolge un ruolo cruciale, altre interazioni come le forze di Van der Waals, le interazioni elettrostatiche e l'effetto idrofobico contribuiscono in modo significativo. La sequenza specifica degli aminoacidi e le condizioni ambientali influenzano anche la stabilità dell'elica alfa.
