Come la maggior parte dei biomi sulla Terra, l'ecosistema savana sopravvive su un delicato equilibrio tra fattori ambientali e varie specie, tra cui l'uomo. La grave siccità può privare queste praterie della loro acqua e del loro fogliame vivificanti, mentre i bracconieri e le popolazioni indigene spesso minacciano di interrompere la rete alimentare attraverso l'uccisione di animali per lo sport o la sopravvivenza.
Attività umane

Attività umane può gravemente minacciare di distruggere gli ecosistemi della savana. L'uso di acqua insostenibile e metodi di irrigazione potrebbero potenzialmente prosciugare fiumi e pozze d'acqua vivificanti. Nelle regioni in cui gli indigeni includono regolarmente carne di animali selvatici - carne selvatica - nella loro dieta, le popolazioni ungulate sono diminuite a ritmi notevoli. Alcuni animali selvatici della savana sono anche cacciati come trofei; i rinoceronti neri, in particolare, sono cacciati per le loro preziose corna. Anche alcune specie di piante sono sovra raccolte a causa del loro valore commerciale. Le sculture realizzate in Blackwood africano, un albero della savana, sono spesso vendute nei mercati dei turisti.
Siccità e pascoli pesanti

La siccità prolungata e grave ha un effetto pericoloso sull'ecosistema savana, con schemi di pascolo che esacerbano questo effetto . La combinazione di grave siccità e pascolo può trasformare una prateria di erbe perenni principalmente commestibili in una savana dominata da erbe e piante non commestibili. Le praterie leggermente al pascolo mantengono la loro qualità di specie erbacee perenni appetibili, ma la composizione delle specie vegetali potrebbe ancora essere modificata. Gli esperti hanno chiesto soluzioni di gestione del pascolo durante gli episodi di siccità per influenzare la direzione di un potenziale cambiamento verso la sostenibilità delle praterie.
Desertificazione

Le savane tropicali spesso confinano con aride regioni desertiche e la diffusione di condizioni desertiche in le aree di prati secchi sono chiamate desertificazione. Questa minaccia per un ecosistema savana include effetti causati da cambiamenti climatici, pratiche agricole, pascolo eccessivo, irrigazione agricola aggressiva, che abbassa il livello della falda freatica lontano dalle radici delle piante, dalla deforestazione e dall'erosione. Ogni anno, oltre 46.000 chilometri quadrati di savana africana diventano deserto. La messa a dimora di piante resistenti alla siccità potrebbe stabilizzare lo spostamento delle dune di sabbia e iniziare la proliferazione di vegetazione aggiuntiva.
Emissioni di carbonio

Un sondaggio del 2012 ha attribuito grandi "aumenti della massa legnosa delle piante" all '"effetto di fertilizzazione con CO2". gli autori hanno ipotizzato che l'aumento del tasso di crescita delle piante legnose fosse causato dall'aumento del biossido di carbonio atmosferico. Un drammatico aumento della quantità di alberi e arbusti potrebbe minacciare l'intero ecosistema della savana, poiché queste piante usano più acqua delle erbe. I conservazionisti in Namibia hanno riferito che le piante legnose hanno impedito sia l'antilope che i ghepardi che le cacciano, uno sviluppo che potrebbe avere ripercussioni sconosciute sulle praterie.