Gli ecosistemi acquatici sono costituiti da organismi interagenti che si usano a vicenda e dall'acqua in cui risiedono o si trovano nelle vicinanze per nutrienti e ripari. Gli ecosistemi acquatici sono divisi in due gruppi principali: marino o di acqua salata e d'acqua dolce, a volte chiamato interno o non salino. Ognuno di questi può essere ulteriormente suddiviso, ma i tipi marini sono più tipicamente raggruppati insieme rispetto agli ecosistemi di acqua dolce.
Il più grande ecosistema

Gli oceani sono il più grande degli ecosistemi, coprendo oltre il 70 percento della Terra superficie. L'ecosistema oceanico è diviso in quattro zone distinte. La zona più profonda di questo ecosistema marino, la zona abissale, ha acque fredde, altamente pressurizzate con ossigeno elevato ma bassi livelli di nutrienti. In questa zona si trovano creste e aperture sul fondo dell'oceano che emettono idrogeno solforato e minerali. Sopra la zona abissale si trova la zona bentonica, uno strato ricco di nutrienti che contiene alghe, batteri, funghi, spugne, pesci e altra fauna. Sopra questa è la zona pelagica, essenzialmente l'oceano aperto, che presenta acqua con un ampio intervallo di temperature, alghe superficiali e molte specie di pesci, nonché alcuni mammiferi. La zona intercotidale, dove l'oceano incontra la terra, è coperta da acqua durante l'alta marea ed è terrestre durante la bassa marea, permettendogli di sostenere vegetazione e vita animale uniche.
Foresta pluviale del mare

Copertura delle barriere coralline solo una piccola parte della superficie terrestre e solo una percentuale leggermente più grande del fondo oceanico, ma supporta una grande varietà di vita acquatica. I coralli che costruiscono scogliere esistono solo in acque subtropicali e tropicali poco profonde. I coralli ospitano alghe fotosintetizzanti e ottengono la maggior parte del loro cibo da queste alghe, consentendo una crescita sufficiente a formare grandi strutture che creano un habitat prezioso. L'aumento della temperatura dell'acqua e la crescente acidificazione dell'acqua legata all'aumento dell'anidride carbonica sono le maggiori minacce che le barriere coralline devono affrontare. A livello locale, l'eccessivo raccolto di coralli e la pesca eccessiva minacciano le barriere coralline, così come le specie invasive e il deflusso inquinato.
Guardando le coste

Come le barriere coralline, gli estuari sono talvolta raggruppati con gli oceani per costituire l'ecosistema marino . Gli estuari si verificano quando si incontrano acqua salata dall'oceano e acqua dolce che fluisce da fiumi o corsi d'acqua, creando un habitat unico orientato intorno all'acqua che ha una variegata concentrazione di sale e ha alti livelli di nutrienti derivanti dai sedimenti depositati da fiumi o corsi d'acqua. Laghi e Stagni

Laghi e stagni, corpi idrici con diverse superfici e volumi, sono anche conosciuti come ecosistemi lenticolari e sono caratterizzati da una mancanza di movimento dell'acqua. Come gli oceani, i laghi e gli stagni sono divisi in quattro zone distinte: litorale, limnetico, profondo e bentonico. La luce penetra nella parte superiore di questi, il litorale, che contiene piante galleggianti e radicate. Anche le altre zone svolgono ruoli unici nell'ecosistema.
Acqua dolce che scorre

Fiumi, torrenti e insenature sono classificati come ecosistemi lotici. Questi ecosistemi sono caratterizzati da acqua dolce che scorre, che si sposta su un fiume, lago o oceano più grande ed è presente durante una parte o per tutto l'anno. A causa del movimento dell'acqua, i fiumi e i corsi d'acqua tendono a contenere più ossigeno rispetto ai loro parenti lentissimi e hanno specie ospiti adattate all'acqua in movimento.
Suoli bagnati e piante che amano l'acqua

Le zone umide sono ecosistemi d'acqua dolce caratterizzato dalla presenza di acqua, che potrebbe essere profonda diversi metri o semplicemente saturare il suolo, spesso con fluttuazioni stagionali. Alcuni tipi di suolo noti come suoli idrici che sono diversi da altri suoli e specie vegetali adattate alle condizioni umide caratterizzano anche le zone umide. Le zone umide sono molto importanti nella regolazione dei livelli delle acque, nel filtraggio dell'acqua e nel miglioramento della qualità delle acque, nella riduzione dei pericoli di alluvione e nella creazione di habitat preziosi per piante e animali.