L'effetto principale della distruzione dell'habitat è una riduzione della biodiversità, che si riferisce alla varietà e all'abbondanza di diverse specie di animali e piante in un ambiente particolare. Quando un animale perde la casa o l'habitat naturale di cui ha bisogno per sopravvivere, il suo numero diminuisce rapidamente e si sposta verso l'estinzione. Si stima che da 14.000 a 35.000 specie siano a rischio di estinzione e la distruzione dell'habitat è una delle cause principali. Impollinazione e dispersione dei semi
Sia le piante selvatiche che quelle agricole dipendono dall'impollinazione per la riproduzione. Frutta e verdura, componenti chiave della dieta umana, dipendono dalle api e da altri insetti per trasferire il polline da un fiore all'altro. Quando la distruzione dell'habitat riduce le varietà di questi impollinatori, diminuiscono anche i raccolti. Ad esempio, le api senza pungiglione in Costa Rica che nidificano solo nelle foreste aumentano del 20% la resa nelle piantagioni di caffè situate vicino alle aree boschive. Molte piante fanno affidamento anche sugli animali, in particolare quelli che mangiano frutta, per la dispersione dei semi. Distruggere l'habitat di animali di questo tipo può influenzare gravemente le specie vegetali che dipendono da loro.
Regolamento sul clima
La biodiversità influenza il clima principalmente attraverso la regolazione della quantità di anidride carbonica nell'atmosfera. La distruzione degli habitat forestali riduce la capacità delle foreste di assorbire l'anidride carbonica. Il tasso di crescita e la legnosità di una pianta determina il tasso di turnover del carbonio al suo interno. Anche i motivi paesaggistici sono importanti poiché il sequestro del carbonio è ridotto ai bordi dei frammenti di foresta. Anche gli ecosistemi marini svolgono un ruolo significativo nel sequestro del carbonio.
Controllo dei parassiti e delle malattie
I parassiti colpiscono spesso specifici tipi di piante. Quando gli habitat vengono distrutti e la diversità delle piante viene ridotta, l'ambiente contiene più di un tipo particolare di pianta. Ciò facilita la diffusione dei parassiti. La diversità vegetale fornisce habitat per una maggiore varietà di insetti e altri animali e per i nemici naturali dei parassiti. Le malattie delle piante fungine sono più gravi nelle aree di monocoltura in cui viene coltivato un solo tipo di coltura.
Effetti indiretti
La produzione di cibo, vestiario e riparo per l'uomo dipende in molti modi indiretti dalla biodiversità degli ecosistemi . Un'alta varietà di colture agricole protegge gli agricoltori dai fallimenti delle colture. La distruzione degli habitat e la riduzione della diversità delle specie possono rendere gli ecosistemi più vulnerabili alle specie invasive e influenzare indirettamente la salute e il benessere umani. L'effetto delle specie invasive è illustrato da ciò che è accaduto quando i bassi sono stati introdotti nel lago Gatun, Panama. La presenza di bassi ha comportato la riduzione dei predatori delle larve di zanzara e un aumento dell'incidenza della malaria.