In acque dolci o marine, i pesci necessitano di cibo non contaminato, habitat adeguato e ossigeno adeguato per sopravvivere. Qualsiasi elemento, sia esso chimico o naturale, che sconvolge questo equilibrio è considerato inquinamento delle acque o semplicemente un inquinante. Gli inquinanti dell'acqua sono di ampia portata e dipendono dalla regione del mondo in cui vivono i pesci, ma ce ne sono alcuni comuni in molte parti del mondo.

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L'inquinamento può uccidere o danneggiare direttamente i pesci, o modificare la composizione dell'ambiente circostante dei pesci, uccidere fonti di cibo o causare la crescita eccessiva di piante o alghe che affamano i pesci di ossigeno.
Fertilizzanti Nutrienti Deplete Ossigeno

L'azoto e il fosforo sono sostanze nutritive che diventano inquinanti dell'acqua quando entrano in fiumi, laghi e oceani attraverso il deflusso, come la pioggia che lava il fertilizzante in eccesso da un prato in un lago o uno scarico diretto quando viene pompato un impianto di trattamento delle acque reflue fognatura in un fiume. Man mano che questi nutrienti in eccesso si accumulano in un corpo idrico, le piante e le alghe crescono a velocità accelerate causando una crescita eccessiva delle piante e fioriture dannose di alghe. Quando le piante muoiono, il processo di decadimento riduce il livello di ossigeno disciolto nell'acqua a un livello troppo basso per consentire ai pesci di sopravvivere, provocando la morte dei pesci. Quando un pesce si nutre di alghe nocive, ingerisce tossine che si accumulano nel suo corpo e vengono trasmesse ad altri pesci che le mangiano.
Pesticidi Uccidi; Heavy Metals Impair

I pesticidi sintetici, come i diserbanti e i micidiali, sono tossici per i pesci a basse concentrazioni con conseguente mortalità dei pesci e calo delle popolazioni ittiche. Alcuni pesci sono più sensibili di altri e muoiono a concentrazioni più basse. I pesticidi entrano nelle acque dolci e marine quando vengono applicati a un prato o in un campo agricolo e l'eccesso viene lavato nell'acqua quando piove o se lo spray va alla deriva quando viene applicato. La combustione di combustibili fossili produce metalli pesanti nell'atmosfera che si depositano in corpi idrici. I metalli pesanti nell'acqua ostacolano la crescita e compromettono l'olfatto di un pesce, il che ostacola la sua capacità di trovare cibo o di evitare i predatori.
Distruzione delle fonti alimentari

I pesci si nutrono di invertebrati che vivono nell'acqua. Porta via questa fonte di cibo e muoiono di fame o si spostano in un nuovo habitat. Questi invertebrati includono insetti acquatici; i pesticidi sono tossici per loro a basse concentrazioni. Tuttavia, se il pesticida non uccide l'insetto, viene trasferito quando un pesce lo mangia. Nel tempo, i pesticidi si accumulano nei pesci fino a raggiungere un livello fatale. Il sedimento è un altro inquinante che uccide gli invertebrati. Uno spesso strato di limo può soffocare gli invertebrati che vivono sul fondo. I sedimenti pesanti possono anche soffocare le uova di pesce, riducendo la loro popolazione.
Effetto filo

I farmaci da prescrizione hanno allungato la durata della vita degli esseri umani; tuttavia, ogni volta che un farmaco viene ingerito, una parte di esso viene escreta attraverso l'urina e le feci e gettata nel gabinetto. La maggior parte degli impianti di trattamento delle acque reflue non è in grado di rimuovere i prodotti farmaceutici durante il processo di trattamento, quindi i farmaci attraversano il sistema in fiumi e baie o ovunque vengano scaricate le acque reflue trattate. Uno studio dell'Università del Colorado a Boulder mostra che i pesci trovati nei corsi d'acqua allacciati con tracce di sostanze chimiche di sintesi che alterano il sistema endocrino mostrano una flessione del genere; un fenomeno in cui i pesci maschi sembrano e si comportano come femmine e alcuni possiedono organi sia maschili che femminili. Lo studio mostra anche che le acque con tracce di antidepressivi influenzano il comportamento dei pesci.