I modelli fisici possono essere difficili da creare, soprattutto per i sistemi complessi. La loro costruzione e manutenzione possono anche essere costose e richiedere molto tempo. I modelli fisici potrebbero anche non essere in grado di rappresentare accuratamente tutti gli aspetti di un sistema, poiché alcuni elementi potrebbero essere troppo piccoli o complessi per essere modellati accuratamente. Inoltre, i modelli fisici possono essere difficili da modificare o aggiornare, poiché spesso sono fissi sul posto e non possono essere facilmente modificati. Ciò può rendere difficile tenere il passo con i cambiamenti nel sistema da modellare. Inoltre, i modelli fisici possono essere difficili da trasportare e immagazzinare, poiché possono essere ingombranti e pesanti.