Uno svantaggio dei modelli fisici è che possono diventare molto grandi e complessi, rendendone difficile la gestione e la manutenzione. I modelli fisici possono anche essere difficili da trasportare, archiviare e replicare. Inoltre, la realizzazione dei modelli fisici può essere costosa e richiedere molto tempo, soprattutto se sono grandi e complessi.