(Phys.org) —Regno Unito La Oxford Nanopore Technologies ha mantenuto la promessa fatta due anni fa di produrre un sequenziatore del genoma economico basato sulla tecnologia dei nanopori. David Jaffe, con il Broad Institute ha riferito a un pubblico all'incontro Advances in Genome Biology and Technology in Florida la scorsa settimana che gli è stato chiesto da Oxford Nanopore di provare il nuovo dispositivo, chiamato il MinION, e lo ha trovato promettente.

Oxford Nanopore Technologies ha creato scalpore nel mondo delle scienze biologiche nel 2012 quando i rappresentanti dell'azienda hanno annunciato che il suo team di ricerca aveva creato con successo un dispositivo di sequenziamento basato sulla tecnologia dei nanopori e che un prototipo poco costoso sarebbe stato consegnato ai ricercatori al di fuori dell'azienda poco dopo. Apparentemente l'azienda ha avuto difficoltà a potenziare la sua tecnologia dei pori e ha dovuto trovare alcuni materiali alternativi, quindi il ritardo di due anni.

Il sequenziamento dei nanopori è il punto in cui singoli filamenti di DNA vengono fatti passare attraverso un poro, mentre ogni coppia di basi passa attraverso il poro viene misurata la sua conduttività, informazioni che possono essere utilizzate per l'identificazione da un computer. Il vantaggio di questo approccio è che, almeno in linea di principio, qualsiasi lunghezza del filo può essere sequenziata.

Il MinION non è ancora in vendita - in questo momento l'azienda sta mettendo a disposizione dei prototipi a pochi notabili selezionati nel campo del sequenziamento del genoma - ognuno dovrà versare $ 1000 come acconto per l'onore. Il dispositivo si collega a una porta su un computer, che fa il trattamento. Insieme al dispositivo, che è stato paragonato alle dimensioni di un pacchetto di gomme da masticare, Oxford Nanopore Technologies invierà campioni di DNA che i ricercatori possono utilizzare per imparare a utilizzare il nuovo dispositivo, dopodiché, possono sequenziare tutto ciò che vogliono. Nel testare filamenti di due tipi di DNA batterico che gli sono stati inviati, Jaffe riporta che hanno risultati contrastanti:lunghi tratti di dati sono stati ottenuti correttamente in alcuni casi, ma in altri c'erano degli errori. Per assemblare l'intero genoma di un tipo di batterio, Per esempio, ha dovuto utilizzare anche un dispositivo di sequenziamento realizzato da un'altra azienda. Ha notato che è ottimista riguardo al dispositivo, però, poiché i rappresentanti di Oxford Nanopore gli hanno assicurato che i tassi di errore possono essere ridotti utilizzando determinate tecniche anche se i miglioramenti al dispositivo vengono elaborati in laboratorio.

Se i tassi di errore utilizzando il MinION possono essere ridotti a un livello pratico, il dispositivo potrebbe segnare un punto di svolta nel sequenziamento dei gemoni in quanto sarebbe un dispositivo che potrebbe essere trasportato e utilizzato per il lavoro sul campo. E sebbene il costo di un tale dispositivo non sia stato annunciato, Oxford Nanopore ha ripetutamente usato termini come economico e conveniente per descriverlo, indicando che costerà molto meno di altri dispositivi di sequenziamento attualmente sul marcatore, una volta pronto per la vendita.

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