L'elettroforesi su gel è una tecnica in cui le molecole biologiche sono separate le une dalle altre e identificate nella ricerca biologica o nella diagnostica medica. Fin dal loro sviluppo negli anni '70, queste tecniche sono state preziose per identificare i geni (DNA) e i prodotti genici (RNA e proteine) di interesse per la ricerca. Negli ultimi anni sono emerse nuove tecniche che danno maggiore specificità e dettagli su ciò che sta accadendo nei sistemi viventi. Anche se questi non hanno soppiantato le tecniche di elettroforesi e le manipolazioni avanzate possono espandere la vitalità della tecnica, è importante rendersi conto di ciò che l'elettroforesi su gel può e non può fare.
L'elettroforesi ha un'analisi dei campioni limitata

L'elettroforesi è specifica per qualunque tessuto tu abbia provato. Ad esempio, se si esegue una macchia del sud (un tipo di elettroforesi) su un tampone di guancia, si stanno guardando i geni dalle cellule epiteliali della guancia e da nessun'altra parte del corpo. A volte, questo può essere utile, ma i ricercatori sono spesso interessati a effetti più diffusi.

Tecniche come l'ibridazione in situ (ISH) possono prendere una sezione di tessuto e analizzare l'espressione genica in ogni piccola area di quel campione . Pertanto, i ricercatori possono esaminare ogni area del cervello in un campione con ISH, mentre le tecniche di elettroforesi possono esaminare solo alcune aree alla volta.
Le misurazioni dell'elettroforesi non sono precise

L'elettroforesi su gel può separare efficacemente proteine simili con pesi diversi (questa è una tecnica chiamata Western blotting). Può separarli più precisamente attraverso una tecnica nota come elettroforesi 2d; questo è comune in proteomica.

Sfortunatamente, tutte le misurazioni fatte con questa tecnica sono nella migliore delle ipotesi semiquantitative. Per ottenere la massa (peso) precisa delle proteine, la spettroscopia di massa deve essere impiegata dopo che la proteina è stata purificata mediante elettroforesi. Inoltre, il confronto delle quantità relative di diverse molecole si basa sulla densità di banda (oscurità) di diversi punti sul gel. Questo metodo presenta un certo grado di errore e di solito i campioni vengono eseguiti più volte per ottenere risultati chiari.
È richiesto un campione iniziale sostanziale

L'elettroforesi è una tecnica per isolare e identificare visivamente biomolecole diverse. Questo viene fatto facendo passare una corrente elettrica attraverso il gel per separare molecole cariche di pesi diversi. Se la molecola che ti interessa non è abbastanza comune, la sua banda sarà praticamente invisibile e difficile da misurare.

Il DNA e l'RNA possono essere amplificati un po 'prima di eseguire l'elettroforesi, ma non è pratico da fare questo con le proteine. Pertanto, è necessario un ampio campione di tessuto per eseguire questi test. Ciò può limitare l'utilità della tecnica, specialmente nell'analisi medica. È praticamente impossibile eseguire elettroforesi su campioni da una singola cella; la citometria a flusso e l'immunoistochimica sono più comunemente utilizzate per valutare l'espressione cellula per cellula delle proteine. Una tecnica chiamata PCR è eccellente per misurare con precisione piccole quantità di RNA.
Solo alcune molecole possono essere visualizzate

L'elettroforesi è eccellente nel separare e identificare biomolecole di medie e grandi dimensioni. Tuttavia, molte delle molecole che i ricercatori desiderano guardare sono più piccole; piccoli ormoni, neurotrasmettitori e ioni non possono essere misurati mediante elettroforesi. Questo per due motivi: non reagiscono correttamente con la preparazione dell'elettroforesi (di solito una tecnica chiamata SDS PAGE) e, anche se lo facessero, sono troppo piccoli per separarsi correttamente e si precipiterebbero fuori dal fondo del gel. Queste molecole vengono invece misurate con tecniche come RIAA (test radioimmunologici) ed ELISA (test di immunosorbenti collegati ad enzimi).
L'elettroforesi ha una bassa produttività

L'elettroforesi su gel è generalmente a bassa produttività, il che significa che non produce dati particolarmente rapidamente. Elettroforesi a contrasto, in cui è possibile esaminare una manciata di molecole di RNA alla volta, con PCR (reazione a catena della polimerasi), che può valutare simultaneamente migliaia di campioni. Allo stesso modo, la citometria a flusso può effettuare misurazioni da migliaia di singole cellule e creare correlazioni complesse, mentre l'elettroforesi esamina le cellule in massa e non può fare discriminazioni così fini. La PCR e la citometria a flusso rappresentano rispettivamente processi fortemente paralleli e seriali, ed entrambi superano di gran lunga le capacità dell'elettroforesi nel generare dati di ricerca.