I metodi di enumerazione nei microbi possono essere suddivisi in quattro categorie. I metodi diretti implicano il conteggio dei microbi, mentre i metodi indiretti implicano la stima. I metodi vitali contano solo le cellule che sono metabolicamente attive, mentre i conteggi totali includono le cellule morte e inattive.

Direct /Vere

Un metodo diretto /vitale comporta un conteggio delle piastre standard, in cui diluizioni ripetute di un campione viene contato per calcolare il conteggio nel campione originale.

Metodi indiretti /vitali

​​Metodi indiretti /vitali come MPN (numero più probabile) comportano l'inferenza statistica basata sul conteggio dei microbi su modelli di crescita.

Direct /Total

I microbi vengono contati con l'aiuto di macchie e coloranti fluorescenti, che rendono visibili i microbi con l'aiuto di un microscopio a fluorescenza.
< h2> Indirect /Total

La spettroscopia è una forma di enumerazione indiretta /totale, che implica la stima della quantità di microbi basata sulla quantità di luce passata attraverso la coltura da uno spettrofotometro.