Per questa tecnica di visualizzazione, l'etidio bromuro viene miscelato con polvere di agarosio, tampone EDTA e acqua per formare la matrice di gel prima dell'elettroforesi. Di conseguenza, le molecole di bromuro di etidio si disperdono uniformemente in tutta la matrice. Una volta che i pozzetti del gel sono stati riempiti con i rispettivi campioni di DNA e con i coloranti di tracciamento, la tensione viene applicata per disegnare lentamente i grandi composti polari attraverso la matrice.

Durante questo movimento, le basi delle molecole di DNA si legano temporaneamente a le particelle di bromuro di etidio, trascinandole. Quando l'elettroforesi è completa, ogni molecola di DNA ha assunto una quantità significativa di bromuro di etidio.

In presenza di luce ultravioletta, il bromuro di etidio mostra fluorescenza. I tecnici illuminano una luce UV appositamente calibrata sul gel mentre una macchina cattura l'immagine dei frammenti luminosi.

Blu di metilene

Se un transilluminatore UV non è disponibile o pratico, i tecnici possono rendere il DNA visibile in condizioni normali immergendo il gel di agarosio finito, con DNA elettroforizzato all'interno, in una soluzione di blu di metilene durante la notte.

Un sale cloruro con un anione significativamente idrofobo, le molecole di metilene blu penetrano nell'intera matrice gel. Tuttavia, il legame dell'idrogeno attraverso il DNA fa sì che le molecole di colorazione si accumulino. Questa maggiore densità di macchie attorno al DNA produce una tonalità di blu più profonda, visibile ad occhio nudo.

Coloranti di rilevamento

Oltre le dimensioni relative delle bande di DNA, i tecnici possono misurare la dimensione assoluta ( in coppie di basi) di ciascun frammento usando sostanze chimiche chiamate coloranti di tracciamento. Visibile senza l'aggiunta di blu di metilene o bromuro di etidio, i coloranti inseguitori come il blu di bromofenolo e il xilocianolo si muovono attraverso le matrici di gel di aragosio durante l'elettroforesi alla stessa velocità dei frammenti di DNA costituiti rispettivamente da 300 nucleotidi e 4.000 nucleotidi. Nell'elettroforesi, frammenti di DNA più massicci viaggiano attraverso la matrice di gel a una velocità inferiore rispetto ai frammenti più piccoli. Pertanto, mentre i coloranti di tracciamento non influenzano direttamente la visibilità dei frammenti di DNA, il confronto tra la posizione di un frammento di DNA nel gel e la posizione di questi coloranti consente ai tecnici di "vedere" il numero approssimativo di nucleotidi contenuti nel frammento di DNA.